रासायनिक संघटन और क्रिस्टल तंत्र
किसी खनिज रत्न का रासायनिक संघटन निश्चित होता है, जो सूत्र के रूप में लिखा जाता है, और परमाणुओं की भीतरी व्यवस्था क्रमबद्ध होती है। कोरंडम एल्युमिनियम ऑक्साइड है (Al₂O₃); बेरिल एक बेरिलियम एल्युमिनियम सिलिकेट है (Be₃Al₂Si₆O₁₈); हीरा केवल कार्बन है। एक ही प्रजाति की किस्में मुख्यतः उन सूक्ष्म तत्वों में भिन्न होती हैं जो जालक में मुख्य परमाणुओं की जगह बैठ जाते हैं, और इसीलिए माणिक तथा नीलम का सूत्र एक ही है।
क्रिस्टलविज्ञानी त्रिविम क्रिस्टल संरचनाओं को सात क्रिस्टल तंत्रों (crystal systems) में बाँटते हैं: त्रिनताक्ष, एकनताक्ष, विषमलंबाक्ष, चतुष्कोणीय, त्रिकोणीय, षट्कोणीय और घनीय। रत्नविज्ञान इन्हें काल्पनिक संदर्भ अक्षों की सापेक्ष लंबाइयों और उनके बीच के कोणों से बताता है। तंत्र ही क्रिस्टल का बाहरी आकार तय करता है (हीरे और स्पिनेल के लिए अष्टफलक, बेरिल के लिए छह भुजाओं वाले प्रिज़्म) और, पहचान के लिए उससे अधिक उपयोगी, उसका प्रकाशीय व्यवहार। घनीय रत्न समदैशिक (isotropic) होते हैं: प्रकाश उनमें हर दिशा में एक ही गति से चलता है। बाकी छह तंत्रों के रत्न असमदैशिक (anisotropic) होते हैं और प्रकाश को दो किरणों में बाँट देते हैं। अकेला संघटन संरचना तय नहीं करता: हीरा और ग्रेफाइट दोनों शुद्ध कार्बन हैं, पर व्यवस्था अलग है।
कुछ रत्न-पदार्थों में दूर तक फैली परमाणु व्यवस्था नहीं होती और इसलिए कोई क्रिस्टल तंत्र भी नहीं। काँच, अधिकांश रत्न-ओपल और जैविक एम्बर अक्रिस्टलीय (amorphous) हैं, और घनीय क्रिस्टलों की तरह वे प्रकाशीय दृष्टि से समदैशिक हैं।